Bước 1: Cơ sở nộp hồ sơ tại bộ phận một cửa cơ quan có thẩm quyền cấp Giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm.

(Cơ quan có thẩm quyền được phân công theo Quyết định 2582/QĐ-UBND ngày 05/6/2015 của UBND Thành phố), cụ thể như sau:

1.1. Cấp Sở: Cơ sở có giấy đăng ký kinh doanh do Sở Kế hoạch đầu tư cấp và cơ sở do Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn phân cấp đóng trên địa bàn Thành phố.

- Chi cục Bảo vệ thực vật kiểm tra và cấp giấy chứng nhận cơ sở sản xuất, kinh doanh thực phẩm có nguồn gốc thực vật đủ điều kiện an toàn thực phẩm: Trồng trọt (kể cả hoạt động sơ chế được thực hiện tại cơ sở trồng trọt).

- Chi Cục Thú y kiểm tra và cấp giấy chứng nhận cơ sở sản xuất, kinh doanh thực phẩm có nguồn gốc động vật đủ điều kiện an toàn thực phẩm: Chăn nuôi, giết mổ, sơ chế, cơ sở kinh doanh, lưu thông, tiêu thụ.

- Chi cục Thủy sản kiểm tra và cấp giấy chứng nhận cơ sở sản xuất, kinh doanh thực phẩm có nguồn gốc thủy sản đủ điều kiện an toàn thực phẩm: Nuôi trồng thủy sản.

- Chi cục Quản lý chất lượng Nông lâm sản - thủy sản kiểm tra và cấp giấy chứng nhận cơ sở sản xuất, kinh doanh nông lâm thủy sản đủ điều kiện an toàn thực phẩm:

+ Sản phẩm trồng trọt: Sơ chế chế biến độc lập, lưu thông, tiêu thụ (chợ đầu mối, chợ đấu giá, cơ sở chuyên doanh, phương tiện vận chuyển độc lập)

+ Sản phẩm chăn nuôi: Chế biến (giò, chả, thịt hộp, hàng khô, hun khói, ướp muối).

+ Sản phẩm thủy sản: Sơ chế, chế biến, lưu thông, tiêu thụ (chợ đầu mối chợ đấu giá, cơ sở chuyên doanh, phương tiện vận chuyển độc lập).

+ Sản phẩm muối ăn: Sản xuất, sơ chế, chế biến, bao gói, tiêu thụ trong nước.

+ Sản phẩm hỗn hợp, phối chế (thực vật, động vật, thủy sản): Sơ chế, chế biến, kho lạnh bảo quản nông lâm thủy sản, cơ sở sản xuất vật liệu bao gói gắn với cơ sở sản xuất nông lâm thủy sản, lưu thông, tiêu thụ, xuất nhập khẩu, nước đá dùng cho bảo quản, chế biến nông lâm thủy sản.

1.2. Cấp quận, huyện, thị xã: Cơ sở có giấy đăng ký kinh doanh do quận, huyện, thị xã cấp.

Phòng Kinh tế kiểm tra và cấp giấy chứng nhận cơ sở sản xuất kinh doanh nông lâm thủy sản đủ điều kiện an toàn thực phẩm: Chuỗi thực phẩm Trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản, muối ăn, sản phẩm hỗn hợp, phối chế (thực vật, động vật, thủy sản); bao gồm: Cơ sở sản xuất, giết mổ sơ chế, chế biến, bao gói, tiêu thụ, kho lạnh bảo quản nông lâm thủy sản.

1.3. Cấp xã, phường, thị trấn: Cơ sở có giấy đăng ký kinh doanh do quận, huyện, thị xã cấp.

- UBND cấp xã, phường, thị trấn kiểm tra và cấp giấy chứng nhận cơ sở sản xuất, kinh doanh nông lâm thủy sản đủ điều kiện an toàn thực phẩm: chuỗi thực phẩm Trồng trọt, chăn nuôi, nuôi trồng thủy sản, muối ăn, thực phẩm hỗn hợp, phối chế (thực vật, động vật, thủy sản); bao gồm: Lưu thông, kinh doanh, tiêu thụ (chợ đầu mối, chợ đấu giá, cơ sở chuyên doanh, phương tiện vận chuyển độc lập, cơ sở kinh doanh).

Gửi hồ sơ bằng một trong các hình thức sau:

- Đơn đề nghị cấp/cấp lại Giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm

- Lệ phí cấp giấy chứng nhận đối với cơ sở đủ điều kiện đảm bảo vệ sinh an toàn để sản xuất kinh doanh thực phẩm nông lâm sản: 150.000 đồng/lần cấp (biểu số 1 ban hành kèm theo Thông tư số 149/2013/TT-BTC của Bộ Tài chính).

- Thông tư số 45/2014/TT-BNNPTNT ngày 03/12/2014 của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn quy định việc kiểm tra cơ sở sản xuất, kinh doanh vật tư nông nghiệp và kiểm tra, chứng nhận cơ sở sản xuất, kinh doanh nông lâm thủy sản đủ điều kiện an toàn thực phẩm.

- Quyết định 2316/QĐ-BNN-QLCL ngày 10/6/2016 của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn về công bố thủ tục hành chính chuẩn hóa thuộc phạm vi chức năng quản lý của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.

- Thông tư số 107/2012/TT-BTC ngày 28/06/2012 của Bộ Tài chính hướng dẫn chế độ thu, nộp, quản lý sử dụng phí, lệ phí quản lý chất lượng và an toàn vệ sinh thủy sản.